Útgerðar- og fiskvinnslufyrirtækið Skinney-Þinganes varð til við samruna þriggja fyrirtækja árið 1999: Borgeyjar, Skinneyjar og Þinganess. Borgey var elst þessara fyrirtækja og jafnframt elsta starfandi útgerðarfélagið á Höfn, stofnað vorið 1946 af Kaupfélagi Austur-Skaftfellinga og um tuttugu einstaklingum. Borgey gerði lengi vel út einn vertíðarbát, síðar tvo en um miðjan níunda áratuginn var starfsemin aukin með kaupum á skuttogara. Síðar voru keyptir tveir vertíðarbátar til viðbótar og annar skuttogari. Upp úr 1990 hnignaði veldi kaupfélagsins, eins og margra annarra samvinnufélaga á Íslandi, og árið 1992 tók Borgey yfir allan sjávarútvegsrekstur þess. Var Borgey þar með komin í hóp stærri sjávarútvegsfyrirtækja landsins. En róðurinn var þungur og í árslok 1992 var reksturinn kominn í þrot. Varð Borgey að sjá á eftir báðum togurum sínum ásamt miklum bolfiskkvóta. Að lokinni greiðslustöðvun, nauðasamningum og endurfjármögnun lagði fyrirtækið megináherslu á veiðar og vinnslu á síld og loðnu. Fyrst í stað virtist þetta ætla að skila góðum árangri en á árunum 1997 og 1998 fjaraði hratt undan rekstrinum og viðræður hófust um sameiningu við önnur sjávarútvegsfyrirtæki á Höfn eða aðkomu utanaðkomandi fyrirtækja.

Saga útgerðarfélaganna Skinneyjar og Þinganess er öllu skemmri en Borgeyjar. Skinney var stofnuð í maí 1968 en Þinganes fjórum árum síðar. Voru þau dæmigerð fjölskyldufyrirtæki, eins og flest önnur útgerðarfélög á staðnum á þeim tíma. Bæði fyrirtækin gerðu út vertíðarbáta og frá árinu 1987 rak Skinney einnig allumfangsmikla saltfiskverkun, humarfrystingu, síldarsöltun, síldar- og loðnufrystingu og niðurlagningu á síld.

Stofnendur Skinneyjar voru Ásgrímur Halldórsson (1925–1996) kaupfélagsstjóri, sonur hans, Ingólfur Ásgrímsson, og Birgir Sigurðsson skipstjóri, ásamt eiginkonum sínum, Guðrúnu Ingólfsdóttur (1920–2004), Siggerði Aðalsteinsdóttur og Jónu Eðvaldsdóttur (1939–1981). Eru Birgir og Ingólfur meðal aðaleigenda Skinneyjar-Þinganess ásamt bræðrunum Gunnari og Ingvaldi Ásgeirssonum en þeir stofnuðu Þinganes í félagi við mág sinn, Sverri Guðnason (1937–1988), ásamt eiginkonum sínum, Ásgerði Arnardóttur (1946-2020), Grétu Friðriksdóttur og Erlu Ásgeirsdóttur (1937-2022). Birgir, Ingólfur, Gunnar og Ingvaldur hafa allir verið skipstjórar á skipum fyrirtækja sinna í áratugi.

Í janúar 1999 tóku Skinney og Þinganes höndum saman og keyptu meirihluta í Borgey og 1. október sama ár voru fyrirtækin þrjú formlega sameinuð undir nafninu Skinney-Þinganes. Voru tildrögin þau að Borgey hafði glímt við mikla rekstrarerfiðleika og neyðst til að rifa seglin, eins og áður segir. Eftir sameininguna var unnið að hagræðingu í rekstri, meðal annars með því að sameina framleiðslueiningar og einfalda stjórnkerfi fyrirtækisins. Frá upphafi hefur verið lögð áhersla á að auka aflaheimildir og styrkja þannig rekstrargrundvöllinn. Með þetta að markmiði hefur Skinney-Þinganes keypt nokkur minni sjávarútvegsfyrirtæki og efnt til samstarfs við önnur um veiðar og vinnslu. Einnig hafa verið gerðar margvíslegar úrbætur á búnaði fiskvinnslunnar, auk þess sem skipastóll fyrirtækisins hefur verið endurnýjaður með nýrri og hagkvæmari skipum.

Tækniframfarir hafa dregið úr þörfinni fyrir vinnuafl en með auknum umsvifum og fjárfestingum hefur Skinney-Þinganes getað tryggt jafna atvinnu fyrir starfsfólk sitt árið um kring. Yfir sumartímann hafa unglingar verið ráðnir til starfa, einkum í humarvinnslu, en löng hefð er fyrir því að unglingar á Höfn fái sumarvinnu í fiski.